こんにちは！HRマネジメント編集部です。

2025年（令和7年）の年末調整では、「所得控除の見直し」「電子申請の義務化拡大」「扶養控除の確認強化」など、企業の実務に直結する変更が相次ぎます。

特に人事・労務担当者は、年末調整の繁忙期を迎える前に、社内システムの整備や従業員への事前周知を徹底しておくことが求められます。

本記事では、2025年（令和7年）の主な変更点と実務対応を、図表つきでわかりやすく整理します。

2025年の年末調整の変更点まとめ

2025年（令和7年）の年末調整では、所得控除制度の見直しに加え、電子申告義務化の対象拡大や控除書類の電子化など、人事・労務担当者の実務に直結する変更が複数あります。

特に「電子化対応」は大きなテーマであり、紙ベースで運用している企業は早めの準備が求められます。

詳細な判定基準や対象企業規模（電子申告義務化の範囲）は、国税庁の最新ガイドラインで確認する必要があります。

→HRマネジメントの労務コンサルに相談する

所得控除の見直しと扶養判定の実務ポイント

2025年（令和7年）は、「基礎控除」「配偶者控除」「扶養控除」などの判定基準が一部見直されます。背景には、副業や複数収入源を持つ人が増え、所得情報の一元化を進める国税庁の方針があります。

実務で注意すべきポイント

・副業やフリーランス収入を持つ従業員の「合計所得」確認を強化
・転職者・再雇用者の控除申告書の記入内容を再チェック
・システム側の「控除額自動計算」ロジックを最新版に更新

特に注意が必要なのは、配偶者控除の所得上限。
2025年（令和7年）からの税制改正により、基礎控除・給与所得控除の見直しが行われ、控除の判定基準となる「合計所得金額」の範囲が変更されました。

・基礎控除額が48万円 → 58万円に引き上げ
・給与所得控除の最低保障額が55万円 → 65万円に引き上げ

これにより、控除対象となる「所得の範囲」も変更され、前年と同じ年収でも控除対象外になる可能性があります。

電子申告義務化の範囲拡大とeLTAX対応

2025年（令和7年）から、給与支払報告書や法定調書などの電子申告が一部義務化されます。従業員数1,000人超の企業だけでなく、電子帳簿保存法対応企業や自治体連携企業にも対象が拡大します。

準備しておくべき項目チェックリスト

①eLTAXの利用者ID・暗証番号を再確認
②提出権限の管理者を明確化（委託業者との責任区分含む）
③電子証明書（e-TaxやeLTAX用）の有効期限を確認し、必要に応じて更新手続きする
④給与システムがXMLデータ出力対応かチェック
⑤電子提出マニュアルを社内で共有

義務化対象外の企業でも、今後の法改正を見据えて早期電子化を進めることが、業務効率化の第一歩になります。

住宅ローン控除・保険料控除の電子化対応

国税庁は2025年（令和7年）から、マイナポータルを介した控除証明書の自動取得を拡大しています。
これにより、従業員の保険料控除証明書や住宅ローン控除証明書を紙で回収する必要がないケースが増えます。

人事担当者が準備すべき5つのステップ

2025年（令和7年）の改正対応は、制度理解に加えて、「システム整備」「運用体制の見直し」「社内への周知」の3つの視点から準備を進めることが重要です。

実務対応5ステップ

①給与システムの改正対応状況を確認　
→控除額計算ロジックの自動更新に対応しているか

②電子申請環境の整備　
→eLTAX／マイナポータル／社内LANの動作確認

③従業員説明会の開催　
→年末調整の変更点を説明し、提出ミスを減らす

④控除書類の早期回収・チェック　
→回収期限を明確にして催促工数を減らす

⑤2026年以降の「完全電子化」見据えた準備（電子化対応の義務化が順次拡大中）　
→電子帳簿保存法・電子署名対応も一体で進める

まとめ：2025年の年末調整は「電子化対応」が最大の焦点

2025年（令和7年）の年末調整は、所得控除の変更と電子化対応が同時に進む「過渡期」です。
人事・労務担当者にとっては、煩雑な手作業から脱却し、業務効率化のチャンスとも言えます。

・所得控除の判定基準が変更 → 早めの申告書回収がカギ
・電子申告義務化でeLTAX対応が必須に
・保険料・住宅ローン控除の電子化で工数削減
・年内準備で年末の混乱を防ぐことができる

今後も、電子化・デジタル連携は年末調整業務の中心となっていきます。
“紙からデータへ”の移行を前提に、2025年（令和7年）の運用をアップデートしておきましょう。

• • • • • • • • 【参照元】
              • 国税庁｜年末調整がよくわかるページ
            • eLTAX（地方税ポータルシステム）｜電子申告の義務化について
            • 総務省｜電子申告義務化の対象拡大方針